歌曲《阿波罗尼亚》的背景故事主要围绕一段理想化的关系展开，可能是在描述一种超越现实的想象世界。歌曲中反复出现的“描き始めた”（开始描绘）暗示着故事可能是在创作过程中展开的。故事中的“僕”和“あなた”之间的情感联系通过自然景象和日常物品如“雨”、“春の木漏れ日”（春天的树影）以及“インク”（墨水）等元素来表现，体现出一种抽象而浪漫的关系。
歌曲中的“気球”（气球）象征着漂浮在空中的理想世界，而“ペンキ”（油漆）和“本”（书）则进一步强调了一种创作和想象的氛围。整体故事给人一种神秘而略带忧伤的感觉，结合自然景象和抽象的意象，表达了一种深沉的情感和对未知的好奇。
“开始描绘”这一句在歌词中重复出现，暗示着故事是在一张画布或者纸张上展开的。可能是创作过程中逐渐描绘出故事的轮廓，也可能是两人关系逐渐展开的过程。
“窗户透过的光束轻轻摇晃”描绘了一种平静而优美的环境，象征着希望和灵感的来源。这里可能象征着自然的美给予创作的灵感。
“我的身体是雨的集合”暗示着内心的深沉情感，雨通常象征着悲伤或思念，表现出对对方的挂念。
“你的手指是春天的树影”描绘了温暖而柔和的触感，象征着对方带来的舒适和安心，可能暗示对方是光明的存在。
“纸上滴落的墨迹”进一步强调了绘画或书写的创作背景，同时暗示着文字或画作作为两人关系的载体。
“做了一个很长的梦”可能暗示着故事发生在梦中，或者是两人在创作过程中进入了一种理想化的想象空间。
“我们坐在气球上”意象上象征着漂浮在空中的状态，可能暗示着一种自由、无拘束的关系。气球可能象征着理想化的状态，但也有可能破碎，暗示着潜在的不稳定性。
“如果被误认为月亮该多好”表达了希望自己的存在能够带来美好的愿景，同时也暗示着可能存在的孤独感。
“灵魂剧烈跳跃”表现出看到美丽景象时的强烈感受，可能是在面对海、天空等自然景象时的震撼。
“水平线的颜色”象征着未知和远方，暗示着对未来的期待和探索。
“这个梦如果能接上那天读的书该多好”进一步强调了创作和想象的背景，可能暗示着通过阅读或写作来延续故事。
“一群白色的鱼”可能象征着纯洁和希望，或者是对远方的向往。
整体上看，歌词通过丰富的意象展示了创作过程中的一种理想化关系，结合自然景象和抽象元素，表达了一种深沉而浪漫的情感，以及对未知的好奇和探索。