《一个两个我们仨》这首歌讲述的是一段关于爱情与等待的故事。歌曲中的“一座城”、“两个人”、“相守余生”描绘了主人公与爱人之间最初的美好时光，两人共同生活在一个城市中，过着平凡却温馨的生活。然而，“三餐饭”、“四季安稳”之后，生活中出现了变故，也许是分离，也许是失去。
“一扇门”象征着两人之间的距离，而“两人等”则暗示了其中一人在等待另一个人归来。随着时间的推移，曾经的恋人离开了，留下主人公独自面对生活的孤独。“后来留我一人痴等”表达了主人公内心的痛苦与不舍，他仍然在原地等待那个再也回不来的人。
“不识曲中意，早已曲中人”这句歌词表达了一种错位的情感，原本只是旁观者，却不知不觉成为了故事的主角。这种情感的转变让主人公感到迷茫和心痛。
“后来在梦中谈笑风生”说明主人公在梦中还能看到曾经的幸福时光，但醒来后却是无尽的失落。“后来我只能一人独看着黄昏”进一步强化了孤独感，黄昏象征着结束与寂寞。
“后来写下他们的这一生”表明主人公试图通过回忆来弥补现实的空缺，把过去的故事写成文字，以此来慰藉自己。
“谁还在苦苦等，盼着离人”反映出一种执着的情感，即使知道对方可能不会回来，依然不愿放弃希望。“却未曾等到熟悉那一声”表现了失望与无奈。
“谁不愿熄灭灯，泪已湿双枕”描述了主人公在夜晚独自流泪的情景，灯光象征着希望，而泪水则代表了悲伤。
“深秋蝉鸣声总让人伤神”用自然景象烘托出一种凄凉的氛围，加深了整首歌的哀伤情绪。
“我还在痴痴等，盼着离人”再次强调了主人公对爱人的执着等待。“多想这岁月能够停顿”表达了对时间流逝的无奈与痛苦。
“我不愿关上门，不愿有人问”表现出主人公不愿面对现实，宁愿沉浸在回忆中。“枕边留有那风不干的痕”则是对过去爱情痕迹的描写，象征着无法抹去的思念。