《三生石上一滴泪》以中国传统文化中的轮回、姻缘和生死为主题，描绘了一段跨越前世今生的深情等待。三生石在中国神话中象征着前世、今生和来世的缘分，而“一滴泪”则代表了这段感情的执着与悲伤。歌曲讲述了一对恋人因命运的捉弄，在奈何桥边饮下孟婆汤，试图遗忘彼此，却无法抹去心中那份深沉的爱意。
在红尘滚滚的世界中，他们曾相遇、相知、相爱，但最终因种种原因未能在一起。即便转世重生，他们的灵魂仍被命运牵绊，不断在轮回中寻找对方。歌曲表达了对爱情的坚定信念，即使面对忘情水、奈何桥等重重考验，依然选择坚守承诺，等待重逢。
“清清的风摇曳着思念的伤”，描绘出一种淡淡的哀愁，暗示着对过去美好时光的怀念。“卷走柔情留下过后的苍凉”则表现出失去后的空虚与寂寞。
“我们相遇在花落的季节”象征着美好的开始，但“聆听过风的私语，夜的凄凉”又透露出一种宿命感，暗示这段感情可能不会长久。“红尘万丈触动心弦的情丝”表达了爱情在复杂世界中的深刻影响。
“我们的梦破碎在奈何桥”点明了两人因命运而分离的结局，“忘川河上端起一碗孟婆汤”则是对前世记忆的放弃，但“三生石上有一滴千年泪水”说明这份情感并未真正消逝。
“前世今生有没有轮回”是整首歌的核心疑问，表达了对命运的无奈与对爱情的执着。“忘情水忘不掉那一次邂逅”说明真正的爱无法被遗忘，即使转世，也会再次相遇。
“红尘中有没有天长地久”是对永恒爱情的追问，“一生一世的柔情没有停留”则揭示了现实的残酷。“守住承诺奈何桥上去等候”是全曲的高潮，表达了无论经历多少轮回，都会在奈何桥上等待爱人的决心。