《落花有意》讲述了一段平凡却深刻的感情故事。主人公与对方在平凡的生活中相遇，没有华丽的开场或轰轰烈烈的情节，却在相处中逐渐发现了彼此的珍贵。然而，尽管对方对主人公关怀备至，这段感情最终未能得到回应。主人公在回忆中感受到命运的无奈与时光的流逝，心中充满了对逝去爱情的惋惜与遗憾。
歌词开篇“萍水相逢平庸相随”描绘了两人相遇的平凡背景，但“这段感情值得用心体会”则反映出主人公对这段感情的珍视。尽管生活平淡，对方的关怀让主人公无法不将对方放在心上。
在“命运蹉跎时光纷飞”中，主人公感叹命运的捉弄与时间的无情，表达了对逝去爱情的无尽追忆。“寥寥星月唤起悲伤滋味”则进一步描绘了夜深人静时，回忆往事所带来的悲伤情绪。
歌曲的副歌部分“落花有意，流水无情”成为整首歌的核心意象。主人公真心爱着对方，却无法挽回这段感情，情感的单方面付出与得不到回应的无奈，在词句中得到了深刻的体现。