《于心有愧》这首歌主要讲述了主人公对于过去伤害了一位重要的人（可能是恋人或朋友）的深深懊悔与内疚。随着时间的流逝，主人公了解到自己的行为给对方带来的痛苦远超想象，因此内心充满了愧疚之情。
歌曲通过第一人称叙述方式展开，从开篇的“如果我听歌可眼红”就奠定了悲伤的基调，表达了主人公对于曾经未能好好对待对方的遗憾和反思。
“如果我听歌可眼红 何以待你好偏不懂”：这两句表达了主人公对于自己当时未能理解对方的好意感到后悔。
“自细做过多少美梦 慈悲的伟论 连乞丐喊穷心也痛 竟怕放怀拥抱你 让你露欢容”：这里描述了主人公曾经有很多美好的愿望和想法，但最终却未能给予对方真正的关爱和支持。
“追悔无用转眼发现 你失踪 曾听说过你某夜结婚 未曾露笑容 实在不敢知道我是元凶”：这部分表现了主人公意识到自己可能是导致对方不幸的原因之一，对方虽然结婚，但从不曾露出真正的笑容。
“大概当初我未懂得顾忌 年少率性害惨你 令人受伤滋味难保更可悲”：这是主人公对自己年轻时轻率行为的反思，认识到那些行为给对方带来了伤害。
“这心地再善良 终生怎去 向你说对不起”：即使内心充满善意，也无法弥补对对方造成的伤害，表达出深深的歉意。
“立志助世人脱贫以为 便伟大到像多么有为 这种刺猬连谁曾待我好 都可带来伤势”：这里通过“刺猬”的比喻，暗示即使有帮助他人的美好愿望，也可能无意中伤害到他人。
“被我害过来接受我跪 是我在制造眼泪 居然想救世”：主人公意识到自己曾无意中给周围人带来痛苦，并且在这样的情况下还妄图拯救世界，显得格外讽刺。
“就算积储献尽饥荒赤地 而太多债没处理 累人累己滋味 余生也记起”：这一段描述了主人公虽然尽力去弥补过去的错误，但有些事情却是无法挽回的，内心的愧疚会伴随一生。
“数一数我实情不只得你 要说句对不起 良心有愧 原来随便错手 可毁了人一世”：这里强调了主人公对于自己的行为后果有了深刻的认识，意识到即使是不经意的举动也可能给他人带来不可逆转的影响。
“内疚内疚内疚没作为 直到在某年某日 我能安息于葬礼 仍想你一家可到齐”：结尾部分表达了主人公希望在生命的最后时刻能够得到对方的原谅，并且希望对方能够幸福。